Sequenziato il genoma di quasi tutti i kākāpō viventi
Una svolta nella comprensione della genetica per salvare le specie dall'estinzione
[30 Agosto 2023]
Lo studio “Species-wide genomics of kākāpō provides tools to accelerate recovery” pubblicato su Nature Ecology & Evolution da un team di ricercatori neozelandesi, statunitensi, tedeschi e del Kākāpō Recovery Team rende conto del sequenziamento di alta qualità di quasi tutta la popolazione di kākāpō (Strigops habroptila), una specie di pappagallo notturno, endemico della nuova Zelanda e a rischio di estinzione. Si tratta di un progetto finanziato da Genomics Aotearoa, una piattaforma collaborativa di 10 istituti di ricerca e università, istituita per garantire che la Nuova Zelanda partecipi e sia leader a livello internazionale nei campi in rapido sviluppo della genomica e della bioinformatica. Un aspetto importante dell’approccio di ricerca di Genomics Aotearoa è che «Lo sviluppo e la messa a punto dei processi genomici in una specie produrranno potenzialmente preziose roadmap per analizzare la diversità genetica in altre specie, nell’uomo, nell’ambiente e nella produzione primaria. Questo sta già cominciando ad accadere».
Infatti, il progetto non sta solo già facendo la differenza per la sopravvivenza del kākāpō , ma anche la creazione di metodi di sequenziamento per lavorare con le popolazioni in pericolo costituirà probabilmente la base per il futuro della scienza della fauna selvatica in via di estinzione in Nuova Zelanda e nel resto del mondo.
I metodi all’avanguardia sviluppati dal principale autore dello studio, Joseph Guhlin di Genomics Aotearoa e del Biochemistry Department della School of Biomedical Sciences dell’università di Otago e da un team internazionale per studiare il kākāpō hanno rivelato aspetti importanti della biologia di questo pappagallo terricolo e incapace di volare. All’università di Otago evidenziano che «Nell’ultimo anno, il lavoro di Guhlin ha prodotto due risultati molto significativi: una comprensione approfondita della biologia del kākāpō che semplicemente non sarebbe possibile senza la genomica: Un codice di alta qualità e pipeline riutilizzabili, consentendo ad altri ricercatori di integrare rapidamente questi metodi nei loro proprio lavoro, il che ha fatto progredire significativamente la capacità genomica della Nuova Zelanda. Questo ha fornito ai ricercatori gli strumenti necessari per identificare caratteristiche genetiche specifiche cruciali per la sopravvivenza».
Guhlin conferma: «Utilizzando la tecnologia creata da Google, abbiamo ottenuto quello che è probabilmente un dataset di varianti di altissima qualità per qualsiasi specie a rischio di estinzione nel mondo. Questo dataset è reso disponibile, attraverso DOC e Ngai Tahu , per i futuri ricercatori che lavoreranno con i Kākāpō».
Un altro autore dello studio, Andrew Digby, consulente del Department of Conservation del Kākāpō Recovery Programme, ritiene che «Gli strumenti genetici forniti da questo studio faranno un’enorme differenza per la conservazione del Kākāpō. I Kākāpō soffrono di malattie e hanno una bassa capacità riproduttiva, quindi, comprendendo le ragioni genetiche di questi problemi, ora possiamo contribuire a mitigarle. Questo ci dà la capacità di prevedere cose come la crescita dei pulcini di kākāpō e la loro suscettibilità alle malattie, il che cambia le nostre pratiche di gestione sul campo e aiuterà a migliorare i tassi di sopravvivenza».
Anche se lo studio segna l’inizio di una nuova era nella conservazione genetica del kākāpō , il Digby sottolinea il suo significato per il futuro di tutte le specie minacciate e conclude: «Il progetto Kakapo 125+ è un ottimo esempio di come i dati genetici possano aiutare la crescita della popolazione. I nuovi strumenti genetici e di apprendimento automatico sviluppati possono essere applicati per migliorare la produttività e la sopravvivenza di altre specie sottoposte a gestione conservativa».